是否实施本次市级基本药物集中采购结果，让黔江区卫生局进退两难。如果执行，全区区级医疗机构、乡镇卫生院和社区卫生服务机构，基本药物价格将平均上涨70%-80%，其中50%左右的基本药物价格将上涨1倍以上，基层医疗卫生机构将面临难题。药价在短期内猛涨，特别是医疗机构药价高于药店，而医院却没有合适的理由向民众解释，可能会引发不稳定因素。他们因此给黔江区政府打报告，希望能够解决好此事。 继黔江区之后，垫江、丰都等区县的卫生局也陆续向本级政府和重庆市卫生局打报告反映药价问题。这些地方要么属于三峡库区，要么属于少数民族地区。这些报告称，如果严格执行此次招标的结果，“可能要付出卫生事业发展停滞、城乡居民基本医疗保险制度受损、群众医药负担再次加大的沉重代价。”
药品集中招标功过 自2003年开始，国务院开始在全国农村试点新型农村合作医疗制度。同时，国家加大了力度整治药价虚高的问题，药品集中招标试点作为一种手段，迅速在全国推开。
2009年1月，国家六部委再次出台规定，要求进一步规范医疗机构药品集中采购工作，使其在保证药品质量、控制虚高药价、整顿购销秩序、治理商业贿赂、纠正不正之风等方面发挥重要作用。
该规定首次提出两项措施：药品集中采购由批发企业投标，改为由药品生产企业直接投标；配送由生产企业或委托具有现代物流能力的药品经营企业，改为向医疗机构直接配送。这一做法意味着将降低药价的希望，寄托在药品的集中采购招标方式上。
但是，“解决了老问题，来了新问题”。自2009年末起，各地连续出现人大代表质疑新药品招标制度“提高了药品价格”的问题。与此同时，在山东、江苏等地，连续出现药品招标问题引发的诉讼。诉讼对象多为卫生部门，他们被质疑作为监督机关，影响了医院和企业的交易，通过所谓招标，将医院的采购定价权牢牢地掌握在了自己手中，造成了行政垄断。
“各地药品集中招标采购的组织者是不是具有行政垄断性，这固然是一个问题，但不是药价虚高问题的关键。”北京大学政府管理学院教授顾昕认为，最为根本的原因是，药品采购的招标中，评标专家大多来自公立医院，或者同公立医院有千丝万缕的关系，而政府对公立医院的药品出售设定了加成管制，导致大家对药品中标价虚高睁一只眼闭一只眼。
中国社科院经济研究所研究员朱恒鹏研究发现，二三级医院之所以偏好高批发价采购药品，是由15%的加价率管制（业内所谓的顺价加价政策）所致。假设某药品采购价只有3元，医院只能加价0.45元；而如果采购价抬高到10元，医院就可以加价1.5元，合法的利润就多了1.05元。“所以，加价率管制政策是抬高药价的罪魁祸首之一。”
此次重庆医药招标案的兴讼者，同时也是重庆市医药行业协会副会长的刘群，对本刊记者表示，他起诉的目的，不仅仅是为自己维权，更希望能够推动医疗改革的进步。他认为，药品集中招标采购的目的是想解决药价虚高的问题，但“事实上却很可能反而助推药价上涨，同时给用药安全带来影响”。
“解决之道很简单，”顾昕表示：“政府不要管人家赚15%，也不要管人家什么零差率。你给药品设定一个价，这个价是天花板，不得突破，剩下的就让市场主体自己来做就是了。”
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